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Simulações in silico de adjuvantes biotecnológicos para a Diabetes 2 e o Mal de Alzheimer

última modificação 06/07/2021 21h54
No projeto: "Desenvolvimento de softwares e simulações numéricas do enovelamento e agregação de isoformas de IAPP: origens termodinâmicas da Diabetes do tipo 2 em mamíferos e otimizações biotecnológicas in silico de terapias adjuvantes." (PHAST) aprovado no SDumont/LNCC em 2016 executamos a paralelização com MPI do módulo Multicanônico (MUCA) do software SMMP (Simple Molecular Mechanics for Proteins). Sua prova de conceito algorítmica foi demonstrada com auxílio de nosso software "in-house" (codinome PHAST), que apresenta scaling linear até 128 processadores, e quase-linear até os 480 núcleos que foram empregados durante toda a execução do projeto "PHAST" ora executado no LNCC. No momento o software encontra-se altamente otimizado e será empregado juntamente com o pacote para dinâmica molecular Gromacs (5.1.4) já disponível no SDumont. Enquanto a versão que paralelizamos do SMMP tem scaling aceitável, como comprovado em testes recentes no Blue Gene/Q da Rice University.
Simulações, Diabetes 2, Mal de Alzheimer, Monte Carlo
Ciências Exatas e da Terra
ASTRONOMIA / FÍSICA
Projeto de Pesquisa
Sim
Projeto aprovado no Supercomputador Santos Dumont do LNCC/MCTI (3.600.000 horas-CPU)
01/03/2019
31/12/2022
Toledo
Rafael Bertolini Frigori
registrado em: toledo